Isolasi DNA Buah Strobery

Read Also

Isolasi DNA bertujuan untuk mengenal dan mempraktekkan teknik dalam melakukan isolasi DNA dari tanaman dan DNA jaringan / sel hewan. Pada praktikum kali ini kami melakukan teknik isolasi DNA pada daging buah dari tumbuhan stroberry. Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu isolasi jaringan, pelisisan dinding dan membran sel, pengekstraksian dalam larutan, purifikasi, dan presipitasi. Sedangkan prinsip-prinsip dalam melakukan isolasi DNA yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul dengan cara memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan berada di dasar, sedangkan substansi yang lebih ringan akan terletak di atas.

Pada praktikum yang kami lakukan setelah sebanyak 1,5 ml daging buah strobery yang telah dihaluskan dimasukan ke dalam tabung, kemudian ditambahkan buffer ekstraksi dan sodium dodesil sulfat (SDS), penambahan larutan tersebut berfungsi sebagai larutan pelisis yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein. Selanjutnya tabun dihomogenkan dengan vorteks agar campuran larutan dapat menyatu dengan ekstrak daging buah. Lalu larutan diinkubasi untuk mengoptimalkan kerja enzim yang sangat dipengaruhi oleh temperatur. Proses selanjutnya yaitu pemberian Potasium asetat (tahap presipitasi). Potasium asetat ini jika berikatan dengan protein mengakibatkan terbentuknya senyawa baru yang memiliki kelarutan yang lebih rendah, sehingga menyebabkan protein mengendap, kemudian divortex yang bertujuan untuk menghomogenkan larutan. Penambahan kloform isoamil asetat berfungsi untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom. Kemudian tabung dihomogenkan hingga terlihat adanya benang-benang putih DNA yang membentuk gumpalan. Setelah itu disentrifuge, DNA akan tampak sebagai butiran putih kecil, dan supernatan dibuang. Selanjutnya butiran DNA genom dicuci dengan penambahan alkohol. kemudian disentrifuge dan supernatannya dibuang. Lalu alkohol dibuang denga hati-hati agar endapan (butiran DNA)  tidak ikut terbuang. Dari hasil yang kami dapatkan mengenai isolasi DNA ini, sampai pada tahap akhir kami melihat DNA buah stroberry dapat diisolasi dengan terbentuknya benang-benang putih DNA yang membentuk gumpalan.

Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan struktur fisik molekulnya. Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju kutub positif (anode), sedangkan partikel-partikel bermuatan positif (kation) akan bergerak menuju kutub negatif (anode) (Klug & Cummings 1994: A-6). 

Pada prkatikum selanjutnya kami mengetahui proses elektroforesis DNA melalui demonstrasi yang disampaikan dan melihat hasil elektroforesis DNA tersebut dengan bantuan sinar UV. Pada praktikum ini digunakan gel agarose untuk memisahkan (separation), dan purifikasi DNA. Gel aagrose yang telah ditambahkan Etidium bromida (EtBr) dituangkan ke dalam cetakan gel dan dibiarkan mengeras. Sampel DNA bisa dimasukkan (loading) dalam sumur (well) gel yang kemudian bisa terpisah dengan menggunakan arus listrik.  Sampel molekul ditempatkan ke dalam sumur (well) pada gel yang ditempatkan di dalam larutan penyangga, dan listrik dialirkan kepadanya. Molekul-molekul sampel tersebut akan bergerak di dalam matriks gel ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan muatannya.

Hasil elektroforesisi ini dapat diamati dengan bantuan sinar UV. Dari pengamatan yang dilakukan kami melihat terbentuknya pita-pita DNA yang terdiri atas beberapa line dengan nomor sumuran dan jenis sampelnya. Dengan membandingkan masing-masing fragmen/ pita dengan posisi pada pada DNA marker dapat diketahui Perkirakan ukuran masing-masing fragmen/pita tersebut.