Klasifikasi Mikroba − Rakyat Biologi

Klasifikasi ialah suatu istilah yang berkaitan dengan dan terkadang digunakan secara dapat dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi ialah ilmu mengenai klasifikasi atau penataan sistematik organisme ke dalam kelompok atau katagori yang disebut taksa (tunggal : takson). Akan tetapi, penyusunan taksonomik mikroorganisme mensyaratkan mereka diidentifikasi sebagaimana mestinya dan diberi nama. Kegiatan seluruhnya pengklasifikasian, penamaan, dan pengidentifikasian disebut sistematika mikrobe. Ketiga proses ini sebagaimana dijelaskan berikut ini, amat saling bergantungan.

1. Taksonomi (klasifikasi) : Penataan teratur unit-unit ke dalam kelompok satuan yang lebih besar. Hal ini dapat diibaratkan dengan permainan kartu. Kartu-kartu ini dapat dipilih mula-mula berdasarkan rupanya, kemudian di dalam setiap rupa, kartu-kartu itu dapat disusun menurut nomor urutnya, dengan kartu yang bergambar muka (raja, ratu dan pangeran) ditempatkan berurutan.

2. Nomenklatur : Penamaan satuan-satuan yang dicirikan dan dibatasioleh klasifikasi. Dapat digunakan analogy yang sama. Kartu-kartu yang bergambar muka diberi nama dan mungkin bahkan lebih dari satu nama. Misalnya “jack” atau “knave” menunjukkan kartu yang sama. Untunglah, nomenklatur ilmiah dalam semua bahasa itu sama.

3. Identifikasi : Penggunaan kriteria yang ditetapkan untuk klasifikasi dan nomenklatur tersebut di atas untuk mengidentifikasi mikroorganisme dengan membanding-bandingkan ciri-ciri yang ada pada satuan yang belum diketahui dengan satuan-satuan yang sudah dikenal. Identifikasi mikroorganisme yang baru diisolasi memerlukan pencirian, deskripsi, dan pembandingan yang cukup, dengan deskripsi yang telah dipublikasikan untuk jasad-jasad renik lain yang serupa.

Sebelum tahun 1700, organisme yang dapat tampak dengan mata bugil diklasifikasikan sebagai tumbuhan atau binatang saja. Dalam tahun 1750-an kedua dunia itu dibagi lagi menjadi pengelompokan yang dapat diidentifikasi dan yang berkerabat oleh Carolus Linnaeus, seorang naturalis dari Swedia. Suatu cirri yang amat penting pada skema Linnaeus ini masih digunakan sampai kini yaitu nomenklatur system biner (dua bagian).

System klasifikasi biologi didasarkan pada hirarki taksonomi atau penataan kelompok atau kategori yang menempatkan spesies pada satu ujung dan dunia di ujung lainnya dalam urutan sebagai berikut:

- Spesies : sekelompok organisme berkerabat dekat (untuk tujuan kita jasad renik) yang individu-individunya di dalam kelompok itu serupa dalam sebagian terbesar ciri-cirinya.

- Genus : Sekelompok spesies yang serupa

- Famili : Sekelompok genus yang serupa

- Kelas : Sekelompok famili yang serupa

- Filum atau divisi : sekelompok kelas yang berkerabat

- Dunia : seluruh organisme di dalam hierarki ini.

Mikroorganisme sebagaimana bentuk-bentuk kehidupan yang lain, diberi nama menurut nomenklatur sistem biner. Tujuan utama suatu nama ialah memberi cara pengacuan suatu mikroorganisme, dan bukanlah untuk memeriksanya. Setiap organisme ditandakan dengan nama genus dan istilah biasa atau deskriptif yang disebut epitet spesies, keduanya itu bahasa Latin atau dilatinkan. Nama genus selalu ditulis dengan huruf besar, epitet spesies selalu dengan huruf kecil. Kedua komponen tersebut bersama-sama disebut nama ilmiah (genus dan epitet spesies) dan selalu dicetak miring misalnya Neisseria gonorrhoeae, bakteri yang menyebabkan penyakit gonorea.

Agar memperoleh penamaan yang konsisten dan seragam bagi organisme, telah ditentukan peraturan yang diterima secara internasional ntuk penamaan organisme dan diikuti oleh para biologiwan di semua negara. Peraturan seperti itu untuk tumbuhan dan hewan ditetapkan pada awal tahun 1900 oleh para ahli botani dan zoologi. Sandi internasional nomenklatur zoologi untuk pertama kali diterbitkan dalam tahun 1901. Sandi internasional bagi nomenklatur botani untuk pertama kali terbit pada tahun 1906. Dalam tahun 1947 Gabungan Internasional Perhimpunan Mikrobiologi memakai sandi internasional untuk bakteri dan virus. Sandi itu kini dikenal dengan Kode Internasional Nomenklatur Bakteri, secara bersambung diubah sesuai (dimodifikasi) dalam suatu usaha untuk memperbaiki dan menjelaskan peraturan dan pengaturannya. Edisi yang paling mutakhir diterbitkan dalam tahun 1975.

Sandi-sandi dalam zoologi, botani, dan bakteriologi didasarkan pada beberapa prinsip yang umum. Beberapa di antaranya yang paling penting ialah:

1. Setiap macam organisme yang nyata disebut sebagai spesies.

2. Spesies ditandai dengan kombinasi biner Latin, maksudnya untuk memberinya label yang seragam dan dipahami secara internasional.

3. Nomenklatur organisme diatur oleh organisasi pengawas internasional yang sesuai dalam hal bakteri,”The Internasional Association of Mikrobiological Societies”.

4. Hukum prioritas menjamin penggunaan nama sah tertua yang tersedia bagi suatu organisme. Hal ini berarti bahwa nama yang pertama-tama diberikan kepada mikroorganisme itulah nama yang benar, asalkan mengikuti prosedur yang semestinya.

5. Penunjukan kategori diperlukan untuk klasifikasi organisme.

6. Kriteria ditetapkan untuk pembentukan dan publikasi nama-nama yang baru.

Nama-nama yang dibentuk sesuai dengan peraturan nomenklatur sistem biner merupakan nama ilmiah bagi organisme. Nama orgnaisme yang seringkali disebutsebut biasanya adalah nama umum.

Klasifikasi Bakteri

Kklasifikasi bakteri yang dipakai di Eropa dan Amerika Serikat, sekarang ini banyak menggunakan sistematik yang disusun oleh Bergey. Edisi yang sekarang dari “Bergey”s Manual of Determinative bacteriology” adalah edisi kesembilan tahun 1994.

Pada klasifikasi Bergey’s tahun 1994 edisi ke-9, kelompok bakteri secara garis besar digolongkan menjadi 4 kategori besar, yakni:

1). Kategori Besar I : Eubacteria Gram Negatif dengan dinding sel, yang terdiri 16 GRUP, mulai dari GRUP 1 sampai GRUP 16.

2). Kategori Besar II : Eubacteria Gram Positif dengan dinding sel, yang terdiri dari 6 GRUP, mulai dari GRUP 17 sampai dengan DRUP 29.

3). Kategori Besar III : Eubacteria tanpa dinding sel, terdiri hanya 1 GRUP, yakni GRUP 30 (Mycoplasma atau Mollicula).

4). Kategori Besar IV : Archeobacteria, yang terdiri dari 5 GRUP, dari GRUP 31 sampai GRUP 35.

Klasifikasi Alga

Dasar klasifikasi untuk alga meliputi ciri fisiologi sel vegetatif, morfologi sel reproduksi dan berdasarkan pigmen yang dimiliki.

Divisi I : Cyanophyta (alga hijau-biru), yang terdiri dari 1 kelas saja dengan 3 nama yaitu Cynaophyceae atau Myxophyceae atau Schyzophyceae.

Divisi II : Chlorophyta (alga hijau)

Divisi III : Euglenophyta hanya terdiri dari 1 kelas yaitu kelas Euglebophyceae.

Divisi IV : Pyrrophyta (alga api), terdiri dari 2 kelas, yakni kelas Dinophyceae dan kelas Desmophyceae (Desmokontae).

Divisi V : Chrysophyta, terdiri dari 3 kelas yaitu: Kelas Xanthophyceae/Heterokontae, kelas Chrysophyceae/ alga keemasan, kelas Bacillariophyceae/Diatomae (Alga kersik).

Divisi VI : Phaeophyta, 3 golongan yaitu golongan Isogeneratae (golongan yang memiliki pergiliran keturunan isomorf), golongan Heterogeneratae (yang memiliki pergiliran keturunan yang heteromorf, golongan Cyclosporae (golongan tyang tidak mempunyai pergiliran keturunan).

Divisi VII : Rhodophyta (Alga merah), terdiri dari 1 kelas yakni kelas Rhodophyceae. Kelas ini mempunyai 2 anak kelas yaitu Bangiophyceae dan Florideophyceae.

Klasifikasi jamur

- Divisi Myxomycophyta

- Divisi Eumycophyta (jamur), terdiri dari kelas:

* Phycomycetes, golongan jamur tingkat rendah.

* Ascomycetec, golongan jamur tingkat tinggi.

* Basidiomycetes, golongan jamur tingkat tinggi.

* Deuteromycetes, golongan Fungi Imperfecti, yakni go- longan jamur (cendawan) yang memiliki fase pembiakan seksual yang belum diketahui dengan jelas.

Klasifikasi Protozoa

Protozoa berdasarkan pada alat gerak/alat lokomosia dapat dibedakan menjadi 4 kelas:

- Kelas Rhizopoda

- Kelas Mastigophora

- Kelas Ciliata

- Kelas Sporozoa

Klasifikasi Virus

Secara garis besar penggolongan virus dibagi menjadi 2 kelompok yaitu:

a. Kelompok virus ADN, yakni

- Parvoviridae

- Papovaviridae

- Adenoviridae

- Herpesviridae

- Poxviridae

- Hepadnaviridae

b. Kelompok virus ARN

- Picornaviridae

- Flaviviridae

- Togaviridae

- Bunyaviridae

- Arenaviridae

- Coronaviridae

- Retroviridae

- Orthomyxoviridae

- Paramyxoviridae

- Rhabdoviridae

- Reoviridae

Latihan

Untuk memperdalam pemahaman anda tentang materi di atas, maka jawablah soal-soal latihan berikut:

1. Jelaskan secara singkat sejarah perkembangan mikrobiologi!

2. Mengapa skema klasifikasi penting dalam mikrobiologi dan biologi pada umumnya?

3. Sebutkan beberapa ciri untuk membedakan sel prokariotik dari sel eukariotik.

Rangkuman

1. Sejarah Perkembangan Mikrobiologi

- Era Perintisan

Dalam periode ini para ahli mencoba mencari jawaban dari berbagai permasalahan yang timbul di lingkungannya yang mungkin berkaitan dengan peranan mikroba. Periode ini ditandai dengan adanya mikroskop dan penemuan dunia jasad renik, generasi spontan lawan biogenesis, teori nutfah fermentasi, teori nutfah penyakit

- Era Keemasan

Periode keemasan ini dikaitkan dengan penemuan-penemuan baru terutama oleh Robert Koch tentang biakan murni. Pada periode keemasan juga ditemukan cawan petri, pewarnaan gram dan penemuan-penemuan lainnya tentang kuman penyebab penyakit.

- Era Modern

Pada era ini ditandai dengan dipergunakannya banyak metode dan peralatan mutakhir, seperti mikroskop elektron, kromatografi, sampai dengan komputer.

2. Ruang Lingkup Mikrobiologi

Mikrobiologi merupakan bagian ilmu dari biologi, tersusun oleh banyak disiplin ilmu. Pembagian ini tergantung arah atau orientasinya, apakah terhadap taksonomi, terhadap habitat atau terhadap permasalahan yang ada atau ditimbulkan akibat mikroba. Dari pembagian tersebut, sedikitnya ada 21 disiplin atau sub bidang mikrobiologi.

3 Kedudukan Mikroba dalam Dunia Kehidupan

Secara umum jasad renik juga disebut protista. Secara keseluruhan klasifikasi jasad renik adalah:

1). Protista eukariotik; protista tingkat tinggi, yang terdiri dari protozoa, Algae, jamur (cendawan) dan jamur berlendir.

2). Protista prokariotik; protista tingkat rendah, yang terdiri kuman (bakteri), Sianobakteri dan Arkhebakteri.

4. Klasifikasi Mikroba

Kegiatan seluruh pengklasifikasian, penamaan, dan pengidentifikasian disebut sistematika mikrobe.

- Klasifikasi Bakteri