Genus: Aphthovirus
Fitur yang membedakan
Genus dibedakan berdasarkan karakter genetik.
Virion
Morfologi
Struktur kristal dari beberapa virus penyakit mulut dan kuku (FMDV) dan equine rhinitis A viruses (ERAV) telah diselesaikan. Kapsid FMDV berdinding tipis (ketebalan rata-rata sekitar 33 Ã…), dan memiliki permukaan yang sangat halus. Loop seluler yang panjang (17–23 aa), loop G-H, diproyeksikan dari permukaan 1D. Ada pori di 5-fold axis, di mana bagian dari 1C yang mendasarinya terbuka. Beberapa serotipe FMDV mengakumulasi kapsid kosong.
Sifat fisikokimia dan fisik
Virion adalah asam labil; Partikel FMDV tidak stabil di
bawah pH 6,8; Partikel ERAV tidak stabil di bawah pH 5,5. Massa jenis apung
dalam CsCl adalah 1,43-1,45 g cm-3. Virion sedimen FMDV pada 146S, kapsid
kosong pada 75S.
Asam nukleat
Genom 7,250–8,203 nt (5′-UTR: up to 1,112 nt; ORF:
6,657–7,020 nt; 3′-UTR: 32–110 nt). Ada saluran poli(C) yang dekat dengan ujung
5′ genom. Dalam RNA genomik FMDV, ia terletak sekitar 360 nt dari ujung, dan
bervariasi dari 100 hingga lebih dari 400 nt. Data saat ini menunjukkan bahwa
saluran poli(C) dalam RNA genomik ERAV lebih pendek (sekitar 40 nt) dan lebih
dekat ke ujung 5′. Dalam RNA FMDV ada rangkaian 3-4 pseudoknots pada sisi 3′
poli(C); dalam ERAV RNA, pseudoknot ini berada di hulu poli(C) dan dibentuk
oleh urutan berulang sempurna yang masing-masing terdiri dari 21 basa; total
5′-UTR dengan demikian sangat panjang. Tidak ada pseudoknots sejauh ini telah
diidentifikasi dalam RNA bovine rhinitis viruses. IRES adalah tipe II. Kreasi
FMDV terletak di 5′-UTR antara pseudoknot berulang dan IRES, tetapi belum
diidentifikasi untuk spesies aphthovirus lainnya. ERAV dan FMDV berbeda sekitar
50% dalam urutan nt di seluruh genom.
Organisasi dan replikasi genom
Tata letak genom:
VPg-5′-UTRIRES-II-[Lpro/1A-1B-1C-1D-2Anpgp/2B-2C/3A-3B1-(3B2-3B3)-3C-3D]-3′-UTR-poly(A)
Poliprotein yang dideduksi berkisar dari 2.218-2.339 aa.
Penerjemahan dimulai pada dua situs inisiasi dalam bingkai alternatif,
menghasilkan dua bentuk protein L (Lab dan Lb). L adalah sistein proteinase
seperti papain yang memisahkan diri dari poliprotein virus. Polipeptida 2A
sangat pendek (panjang rantai = 18 aa dalam FMDV), dan terlibat dalam interupsi
rantai polipeptida yang bergantung pada NPGP pada terminal-C-nya. Genom FMDV
mengkodekan 3 salinan VPg sedangkan ERAV, virus bovine rhinitis A (BRAV) dan
virus bovine rhinitis B (BRBV) hanya mengkode satu.
Biologi
Genus ini terdiri dari virus yang terutama menginfeksi
melalui saluran pernapasan bagian atas. FMDV menginfeksi terutama hewan berkuku
terbelah, tetapi telah diisolasi dari setidaknya 70 spesies mamalia.
Manifestasi klinis infeksi FMDV termasuk penyakit mulut dan kuku (lesi
vesikular), kadang-kadang disertai miokarditis fatal akut pada hewan muda. ERAV
menyebabkan infeksi saluran pernapasan atas kuda, tetapi dapat menginfeksi
sejumlah spesies lain termasuk manusia. Virus bovine rhinitis A (BRAV) dan
virus bovine rhinitis B (BRBV) menginfeksi saluran pernapasan ternak. FMDV dan
ERAV dapat menyebabkan infeksi saluran pernapasan atas yang persisten. FMDV
menginfeksi sel dengan mengikat protein membran integral dari keluarga integrin
melalui loop 1D GH-nya; prinsip integrin yang digunakan adalah vβ6.
Proteoglikan heparan sulfat juga dapat berfungsi sebagai reseptor dalam kultur
sel dan setidaknya satu reseptor tak dikenal lainnya telah diusulkan. ERAV
dapat menggunakan asam sialat untuk mengikat sel. Terjemahan cap-dependent mRNA
inang dihambat oleh Lpro, yang memotong eIF-4G inang.
Antigenisitas
Tujuh jenis FMDV (A, O, C, SAT 1, SAT 2, SAT 3, Asia 1), dua
jenis BRAV dan lima jenis BRBV telah dideskripsikan secara serologis dan
genetik. Hingga lima situs antigenik independen telah dilaporkan dalam virion
tipe O FMDV, dua di antaranya memiliki penentu dalam loop GH 1D.
Derivasi nama
Aphthovirus-: dari bahasa Yunani aphthae, "vesikel di
mulut"; Bahasa Indonesia: aphtha, infeksi sariawan di mulut; Prancis:
fièvre aphteuse, "penyakit kaki dan mulut"
Kriteria demarkasi spesies
Anggota spesies dari genus Aphthovirus:
kurang dari 30% berbeda dalam urutan poliprotein aa
kurang dari 40% divergen dalam urutan P1 aa
kurang dari 20% divergen dalam urutan aa 2C + 3CD
berbagi kisaran inang alami
berbagi organisasi genom yang sama
Divergensi (jumlah perbedaan per situs antara urutan)
anggota spesies Aphthovirus yang berbeda berkisar 0,54-0,65 untuk P1 dan
0,4-0,56 untuk 3CD.
No comments