Small nuclear RNA (snRNA) – Struktur, Jenis, Definisi

Read Also

Apa itu Small nuclear RNA (snRNA)?

• Small nuclear RNA (snRNA) adalah RNA kecil dengan panjang rata-rata 150 nukleotida.

• Berbagai RNA noncoding dikodekan oleh genom eukariotik, dan snRNA adalah jenis RNA terlokalisasi nukleus yang sangat melimpah dengan peran penting dalam penyambungan intron dan pemrosesan RNA lainnya.

• Untuk memediasi proses penyambungan transkrip, snRNA biasanya ada sebagai partikel ribonukleoprotein (snRNPs) dengan protein lain yang menciptakan kompleks partikulat besar (spliceosome) yang terikat pada transkrip RNA primer yang tidak disambung.

• Selain penyambungan, snRNP berfungsi dalam pematangan inti transkrip awal dalam mRNA, regulasi ekspresi gen, donor sambatan dalam sistem non-kanonik, dan pemrosesan ujung-3 dari mRNA histone yang bergantung pada replikasi, menurut data baru.

• Small nuclear ribonucleic acid (snRNA), sering dikenal sebagai U-RNA, adalah kategori molekul RNA kecil yang ada dalam inti sel eukariotik.

• Transkrip non-pengkodean tanpa intron, non-poliadenilasi, dengan fungsi inti.

• Kompleks ribonukleoprotein nuklir kecil selalu terdiri dari SnRNA dan satu set protein tertentu (snRNP sering diucapkan “snurps”)

• Setiap partikel snRNP terdiri dari snRNA dan beberapa protein spesifik snRNP.

Jenis Small nuclear RNA (snRNA)

SnRNA dapat dibagi menjadi dua kelas berdasarkan fitur urutan umum dan kofaktor protein.

1. Sm-class RNAS

• Ini ditandai dengan tutup 5′-trimethylguanosine, loop batang 3′, dan situs pengikatan untuk kelompok berbentuk cincin heteroheptamerik dari tujuh protein Sm (situs Sm).

• Ini termasuk tim U1, U2, U4, U4atc, U5, U7, U11, dan U12.

• RNA polimerase II (Pol II) yang digunakan untuk mentranskripsi gen kelas Sm secara fungsional sebanding dengan Pol II yang digunakan untuk mentranskripsi gen penyandi protein mamalia.

• SnRNA kelas sm diekspor dari nukleus untuk menjalani pematangan di sitoplasma.

2. Lsm-class RNAs

• Kelas ini memiliki tutup monometil fosfat dan loop batang 3′, yang terakhir berakhir di hamparan uridin yang berfungsi sebagai situs pengikatan untuk cincin heteroheptamerik unik protein Lsm.

• Ini berisi U6 dan Ubatac

• Gen snRNA kelas Lsm (U6 dan Ubatac) ditranskripsi oleh Pol III menggunakan Promotor eksternal yang khusus untuk tujuan ini.

• snRNA dari kelas Lsm tidak pernah meninggalkan nukleus.

Struktur snRNA

• Elemen urutan distal (DSE) berfungsi sebagai penambah.

• Diperlukan koneksi antara elemen pemrosesan RNA kotak 3′ dan promotor tipe gen snRNA.

• Selain DSE dan PSE, gen yang ditranskripsi pol III memiliki kotak TATA di lokasi -25.

• Promotor inti adalah proximal sequence element (PSE) spesifik gen snRNA yang penting.

Langkah-langkah transkripsi gen snRNA

Fosforilasi CTD Pol II selama transkripsi gen snRNA. Fosforilasi awal Ser5 dan Ser7 oleh subunit cyclin-dependent kinase (CDK)7 dari TFIIH. Ser7P berinteraksi dengan RPAP2. Subunit Integrator Int1, Int4, Int5, Int6, dan Int7 direkrut oleh RPAP2. Mekanisme positive-transcription elongation factor b (P-TEFb) setelah RPAP2 mendefosforilasi Ser5P. CDK9, subunit dari P-TEFb, memfosforilasi Ser2. Fosforilasi ganda Ser2 dan Ser7 merekrut enzim pemrosesan RNA Int9/11.

Penghentian transkripsi gen snRNA

Model untuk penghentian transkripsi gen snRNA U2. Transkrip snRNA ditampilkan dalam warna hijau dengan tutup di ujung 5′, sedangkan nukleosom digambarkan sebagai barel. Pol Il melanjutkan transkripsi setelah mengenali kotak 3′, sedangkan Integrator memproses RNA yang baru disintesis. CTCF mengidentifikasi situs pengikatan CTCF di hulu kotak 3′ dan mengatur hunian nukleosom. Negative elongation factor (NELF) direkrut oleh DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) dan CTCF pada akhir unit transkripsi dan menyebabkan penghentian transkripsi

References

Hari, R., & Parthasarathy, S. (2018). Prediction of Coding and Non-Coding RNA. Reference Module in Life Sciences. doi:10.1016/b978-0-12-809633-8.20099-x

Buratti, Emanuele. (2013). Small Nuclear RNA. 10.1016/B978-0-12-374984-0.01437-6.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2021.652129/full